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腫瘤早篩

  腫瘤早篩

腫瘤早篩案例展示

案例分析一

循環腫瘤DNA甲基化標志物在肝癌診斷和預后中的應用

Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. Nat Mater. 2017;16(11):1155-1161.(IF= 39.235)

一、研究背景

監測治療和早期發現惡性乳腺癌(BC)仍然是臨床上急需解決的問題。異常循環DNA甲基化模式可能提供一個高度特異的癌癥信號,因此,cfDNA甲基化標記物可以指示乳腺癌的播散。

二、研究方法

1、取材:血漿樣本

HCCn=1098

正常對照:n=835

2、測序:

3、驗證:高通量BSP

4、功能:

三、研究結果

1) 通過比較HCC組織和正常血白細胞,確定了一個HCC特異性甲基化標志物Panel;

2) HCC腫瘤DNA和匹配的血漿cfDNA的甲基化譜高度相關;

3) 利用1098HCC患者和835例正常對照者的cfDNA樣本,構建了一個高特異性和敏感性的診斷預測模型(p<0.001), 并與腫瘤負擔、治療反應和分期高度相關;

4) 建立了一個預測預后和生存率的預測模型(p<0.001).

四、研究結論

結果表明在一個大型臨床隊列中,ctDNA甲基化標記物在肝癌的診斷、監測和預后中的作用。

 


             

圖1. 數據生成與分析工作流程圖                                                                            圖2. 肝癌診斷與cfDNA甲基化

 

 

   

圖3. cfDNA甲基化與腫瘤負荷、治療反應和分期                                              圖4. cfDNA甲基化分析預測HCC生存率

 

 

案例分析二

血清甲基化用于乳腺癌轉移早期篩查

Methylation patterns in serum DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome Med. 2017;22;9(1):115.(IF= 8.898)

一、研究背景

監測治療和早期發現轉移乳腺癌(BC)仍然是臨床上急需解決的問題。異常循環DNA甲基化模式可能提供一個高度特異的癌癥信號,因此,cfDNA甲基化標記物可以指示乳腺癌的轉移。

二、研究方法

1、取材:組織和血清

組織:n=31(篩選甲基化標志物)

血清:n=110(模型), n=1344(驗證)

2、測序:簡化基因組甲基化測序(RRBS)          

高通量BSP

3、驗證:高通量BSP

4、功能:

三、研究結果

1) BC組織中共發現18BC特異性甲基化標志物,其中6個在血清中得到進一步驗證;

2) 候選EFC#93經驗證可用于臨床,是化療前獨立的不良預后標志物(死亡風險比HR7.689), 優于循環腫瘤細胞(CTC)(死亡風險比=5.681);

3) 在化療前70%以上的CTCEFC#93血清陽性患者在5年內復發;

4) 化療后EFC#93陽性轉移患者對抗激素治療有反應;

5) 血清EFC#93陽性受檢者中分別有42.9%25%在測試后3-6個月和6-12個月內被診斷為轉移性BC, 檢測特異性為88%.

四、研究結論

血清EFC#93甲基化為早期診斷和治療轉移性乳腺癌提供了一個新的工具。

 

             


          圖1. 研究技術方案                                                                                                    圖2. 組織中甲基化篩選的流程

 

                   


圖3. SUCCESS試驗樣本中EFC#93血清甲基化與CTC分析                                                         圖4. UKCTOCS試驗女性樣本中EFC#93甲基化分析


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